Che io sappia non esiste un comando automatico di cancellazione dei messaggi, esiste un comando AT (AT+CMGD=x) dato da seriale che permette di cancellare un certo messaggio (In questo topic trovi informazioni). Quindi dovresti gestire la cancellazione da programma PLC dopo avere letto il messaggio.
Per i nostri sistemi programmabili SlimLine abbiamo realizzato una libreria di gestione modem (Topic) che gestice il modem connesso alla porta seriale, e tra le varie funzioni che occore fare per gestire un modem oltre e verificare se è conesso alla rete GSM ed eventualmente riconnetterlo (Può succedere che il gestore sganci il modem), occorre dopo la lettura del messaggio provvedere alla sua cancellazione dalla memoria.