Attualmente non è possibile modificare la porta del server VNC sul pannello.
Ma sinceramente non ne capisco la necessità, da come dici mi sembra di capire che hai impostato nel tuo router due port forwarding tra la porta pubblica e la coppia IP/porta (5900) del pannello. Quindi quando accedi dalla porta pubblica verrai indirizzato alla porta 5900 del pannello con indirizzo IP definito nella regola del port forwarding, non vedo la necessità di cambiare la porta.
I problemi che lamenti mi sembrano più legati ad avere lasciato appesa la connessione VNC, sui pannelli hai abilitatoi le connessioni multiple sul server VNC?
Perchè non utilizzi EasyAccess che ti evita di dover configurare il router per accedere al pannello ed hai dispositivi ad esso connessi?