La condizione di stop non resetta l’esecuzione del programma ma la congela nello stato in cui si trova. Da uno stop è quindi possibile ripartire con un comando di run continuando l’esecuzone delle logiche come se nulla fosse successo. E’ per questo motivo che anche le uscite logiche rimangono congelate nello stato in cui si trovano.
Concordo con te che questo comportamento in un processo industriale potrebbe creare seri problemi. Se la tua necessità è su di un comando fermare l’esecuzione del programma PLC azzerandone lo stato per poi ripartire dall’inizio, devi usare il comando di Reset e non di Stop.